Bản đồ Chiến dịch Bắc Phạt của Quốc dân đảngTrong Đại chiến Trung Nguyên, một số quân phiệt đã cố gắng lật đổ chính phủ Quốc dân đảng mới thành lập của Tưởng Giới Thạch; bất chấp sự thất bại của lực lượng chống Quốc dân đảng, các quân phiệt vẫn tiếp tục nắm quyền kiểm soát phần lớn lãnh thổ Trung Quốc cho đến những năm 1940

Tưởng Giới Thạch nổi lên với tư cách là người được Tôn Dật Tiên bảo hộ sau Sự cố tàu chiến Trung Sơn. Mùa hè năm 1926, Tưởng Giới Thạch và Quốc quân bắt đầu Chiến dịch Bắc phạt với hy vọng thống nhất Trung Quốc. Ngô Bội Phu và Tôn Truyền Phương của Trực hệ sau đó bị đánh bại ở miền trung và miền đông Trung Quốc. Trước tình hình cấp bách, Quốc dân quân và Diêm Tích Sơn thành lập liên minh với Tưởng Giới Thạch để cùng nhau tấn công Phụng hệ. Năm 1927, Tưởng Giới Thạch khởi xướng một cuộc thanh trừng bạo lực nhằm vào những người Cộng sản trong Quốc dân đảng, đánh dấu chấm hết cho chiến lược Liên Nga dung Cộng. Mặc dù Tưởng Giới Thạch đã cũng cố quyền lực của Quốc dân đảng ở Nam Kinh, vẫn cần phải chiếm Bắc Kinh, qua đó khẳng định tính hợp pháp cần thiết để quốc tế công nhận. Thay cho lòng trung thành, Diêm Tích Sơn đến và chiếm Bắc Kinh sau cái chết của Trương Tác Lâm vào năm 1928. Người kế nhiệm Trương Tác Lâm, Trương Học Lương, chấp nhận quyền lực của lãnh đạo Quốc dân đảng, Chiến dịch Bắc phạt chính thức kết thúc.

Nền chính trị Trung Quốc trong Thập niên Nam Kinh do Quốc dân đảng lãnh đạo, được định hình sâu sắc bới những thỏa hiệp với các quân phiệt đã giúp Chiến dịch Bắc phạt thành công. Hầu hết các nhà lãnh đạo cấp tỉnh là các chỉ huy quân sự chỉ tham gia Quốc dân đảng trong Chiến dịch Bắc phạt, khi các quân phiệt và người quản lý của họ đều bị Tưởng Giới Thạch thuyết phục. Mặc dù là một nhà độc tài, Tưởng Giới Thạch không nắm quyền tuyệt đối vì luôn bị các đối thủ trong đảng và quân phiệt địa phương thách thức.[39]

Dù Trung Quốc đã thống nhất, vẫn có những có những cuộc xung đột diễn ra trên khắp đất nước. Các quân phiệt đồng ý hợp tác nhưng vẫn nảy sinh bất đồng với Chính phủ Quốc dân đảng, và giữa họ sớm bùng phát Đại chiến Trung Nguyên vào năm 1930. Từ năm 1931 đến năm 1937, một loạt cuộc chiến nổ ra ở Tân Cương. Sau Sự biến Tây An năm 1939, mọi nỗ lực quân sự chuyển sang trạng thái chuẩn bị đương đầu Đế quốc Nhật Bản.

Các quân phiệt tiếp tục đặt ra nhiều vấn đề cho Chính phủ Quốc dân đảng mãi cho tới khi phe cộng sản giành chiến thắng vào năm 1949. Nhiều quân phiệt quay lưng với Quốc dân đảng và đào tẩu sang Đảng Cộng sản Trung Quốc, chẳng hạn như quân phiệt Vân Nam Lư Hán, người cùng quân đội của mình từng chịu trách nhiệm giải giáp quân Nhật ở Hà Nội và tham gia cướp bóc diện rộng.[40]

Dù Tưởng Giới Thạch thường không bị đánh giá là một nhà lãnh đạo đồi bại, quyền lực của ông ta phụ thuộc vào tính cân bằng giữa nhiều quân phiệt. Kể cả khi đã thấu hiểu và căm ghét thực tế rằng nạn tham nhũng trong nội bộ Quốc dân đảng đang đẩy công chúng đến với phe cộng sản, Tưởng Giới Thạch vẫn tiếp tục tập trung đối phó với các quân phiệt, dung túng cho sự bất tài và nạn tham nhũng, đục khoét cấp dưới khi họ đang mạnh lên, làm tất cả chỉ để duy trì sự thống nhất. Sau khi Nhật Bản đầu hàng, các quân phiệt quay sang chống Quốc dân đảng.[41]